市级部门主要负责执法监督指导、协调跨区域执法和重大案件查处职责，对一般行政处罚案件实施属地管理。为规范重大案件查处，制定重大案件查处制度。
 一、负责查处的重大案件范围

（一）市级部门依法许可的行政相对人未按照许可要求实施相应行为的案件。

（二）违法行为造成严重后果或者重大事故的，情节特别严重的，市级部门认为有必要由市级部门直接查处的案件。

（三）危及生命财产安全进而引发群体性伤害，或者被媒体曝光会引发突发安全事件隐患的案件、以及违法行为存在严重事故隐患的案件。

（四）违法行为被媒体曝光、被群体性举报或者一段时间内被不同举报人连续举报经查属实的案件。

（五）法律法规规章明确规定的由市级部门依法实施查处的其他案件

二、重大案件的查处方式及程序

重大案件的查处由市级部门根据掌握的案件具体情况依法启动或者在县级部门查实为重大案件后逐级上报市级部门后启动。

市级部门自行或者组织属地部门对案件进行现场检查和调查取证，并视情况在案件调查的过程中或调查完结后决定市级部门办理还是交由属地部门办理。

市级部门可以根据案件具体情况决定自行组织案件调查处理、交办督办、挂牌督查。交办督办的案件，可以下发案件交办函，并可通过催办、查卷、走访等方式予以督查，确保案件及时、有效的办理。挂牌督办的案件，由市级部门下发案件督办函，并抄告当地政府，必要时可以抽调执法骨干组成专案组以专案的方式督办。

三、重大案件查办考核
 重大案件的办理情况纳入行政执法绩效考核，存在瞒报、失查、办理不力、包庇纵容等情况的，对部门予以通报、下发稽查建议书或者约谈，存在过错的，给予警告或通报批评，情节严重的通报纪检或司法部门，追究相关人员的法律责任。